在過去的幾十年中，熒光顯微鏡已成為一個研究生物分子，途徑和在活細胞，組織和整體動物動力學的各種各樣的*的工具。相反）其他技術（如電子顯微鏡，熒光成像是與正在保持文化，使一個大跨度的時間尺度上發生的事件微創光學觀察細胞兼容。

　　在空間分辨率方面，包括正電子發射斷層掃描，磁共振成像和光學相干斷層掃描技術，可以產生動物和人類受試者在10厘米和10微米之間的決議的圖像，而電子顯微鏡和掃描探針技術具有zui高空間決議，往往接近分子和原子水平。

　　這兩個之間在解決權力在于光學顯微鏡。除了能夠形象的活細胞，熒光顯微鏡的所有形式（包括廣角，激光掃描，旋轉盤，多光子，和全內反射的zui顯著的缺點）所帶來的好處是空間分辨率的限制。

　　濾色系統是熒光顯微鏡的重要部位，由激發濾板和壓制濾板組成。濾板型號，各廠家名稱常不統一。濾板一般都以基本色調命名，前面字母代表色調，后面字母代表玻璃，數字代表型號特點。如德國產品(Schott)BG12，就是種藍色玻璃，B是藍色的*個字母，G是玻璃的*個字母；我國產品的名稱已統一用拼音字母表示，如相當于BG12的藍色濾板名為QB24，Q是青色(藍色)拼音的*個字母，B是玻璃拼音的*個字母。不過有的濾板也可以透光分界濾長命名，如K530，就是表示壓制濾長530nm以下的光而透過530nm以上的光。還有的廠家的濾板*以數字命名，如美國Corning廠的NO：5-58，即相當于BG12。

　　激發濾板根據光源和熒光色素的特點，可選用以下三類激發濾板，提供一定波長范圍的激發光。

　　紫外光激發濾板：此濾板可使400nm以下的紫外光透過，阻擋400nm以上的可見光通過。

　　紫外藍光激發濾板：此濾板可使300～450nm范圍內的光通過。

　　紫藍光激發濾板：它可使350～490nm的光通過。

　　zui大吸收峰在500nm以上者的熒光素(如羅達明色素)可用藍綠濾板(如B-7)激發。

　　近年開始采用金屬膜干涉濾板，由于針對性強，波長適當，因而激發效果比較玻璃濾更好。如西德Leitz廠的FITCKP490濾板和羅達明的S546綠色濾板，均遠比玻璃濾板效果好。

　　激發濾板分薄厚兩種，一般暗視野選用薄濾板，亮視野熒光顯微鏡可選用厚一些。基本要求是以獲得zui明亮的熒光和的背景為準。