1．打開燈源，超高壓汞燈要預熱幾分鐘才能達到zui亮點。

　　2．熒光顯微鏡需在燈源與聚光器之間裝上所要求的激發濾片，在物鏡的后面裝上相應的阻斷濾片。落射式熒光顯微鏡需在光路的插槽中插入所要求的激發濾片／雙色束分離器／阻斷濾片的插塊。

　　3．用低倍鏡觀察，根據不同型號熒光顯微鏡的調節裝置，調整光源中心，使其位于整個照明光斑的中央。

　　4．放置標本片，調焦后即可觀察。 使用中應注意：末裝濾光片不要用眼直接觀察，以免引起眼的損傷；用油鏡觀察標本時，必須用無熒光的特殊油鏡；高壓汞燈關閉后不能立即重新打開，需經5分鐘后才能再啟動，否則會不穩定，影響汞燈壽命。

　　觀察在示教臺上的熒光顯微鏡下用藍紫光濾光片，可見經o．01％的丫啶橙熒光染料染色的細胞，細胞核和細胞質被激發產生兩種不同顏色的熒光(暗綠色和橙紅色)。

　　熒光顯微術是近代顯微研究和檢測的重要手段之一。在醫藥、生物、農牧、礦產、工業、環保、法醫、商檢、糧食、地質眾多領域，用途日趨廣泛，其主要工具就是熒光顯微鏡。并且可配用攝影裝置進行顯微攝影.如配加顯微鏡數字攝像頭，數碼相機及相關適配器等。